Sejarah Berdirinya MIN Pekalongan

Madrasah Ibtidaiyah Negeri Pekalongan adalah salah satu komponen penyelenggaraan sebagian tugas kenegaraan dalam lingkungan Kementerian Agama Kab. Pekalongan. Yang memiliki tugas pokok menyelenggarakan sebagian tugas pemerintah dan pembangunan di bidang Pendidikan Islam Kantor Kementerian Agama, khususnya Kantor kementerian Agama Kab. Pekalongan. Dengan keberadaan pusat pengembangan Agama Islam ini maka secara resmi di sahkan oleh Kemenetrian Agama Republik Indonesia dalam Surat Keputusan No. 244 Tahun 1993 tanggal 25 Oktober 1993 tentang penegerian, Madrasah Ibtidaiyah Negeri Kabupaten Pekalongan.

Dengan keberadaan Pusat Pengembangan Agama Islam (Islamic Centre) di Kabupaten Pekalongan, diperlukan pendukung untuk pengembangan tersebut Pemda Pekalongan bekerja sama dengan Departemen Agama Kab. Pekalongan mendirikan organisasi pendidikan Formal yaitu dari : RA, MI, MTs , dan MA. Pada tahun ajaran 1984/1985 tepatnya tanggal 1 Juli 1984 MI mulai dibuka dengan jumlah siswa 20 anak dari RA diberi nama MI Capgawen Kedungwuni tahun 1985 diusulkan untuk dinegerikan, akhirnya keluar SK dan diberi nama MIN Kedungwuni Filial Purwokerto sampai tahun 1993.

Dengan SK Menteri Agama tanggal 25 Oktober 1993 No. 244 tahun 1993 selama kurang lebih delapan tahun menjadi MIN Kedungwuni. Kemudian sejak tanggal 13 April 2017 nama MIN kedungwuni berubah menjadi MIN Pekalongan hingga saat ini.